L’abbaye Saint-Germain constitue un des hauts-lieux du patrimoine historique français. Située au nord du quartier historique d’Auxerre, l’abbaye bénéficie d’une situation remarquable. Implantée sur un amphithéâtre naturel, elle domine la rive gauche de l’Yonne. Cet ensemble constitue un témoignage exceptionnel de quinze siècles d’histoire de la ville et de la vie spirituelle en occident. Ses  cryptes, ornées de fresques, en font un des édifices majeurs de la renaissance carolingienne.

Les travaux et aménagements muséographiques qui ont duré six ans ont consisté en :
– la création d’un parvis pour permettre la protection des vestiges archéologiques et l’ouverture de l’abbaye sur la ville ;
– la requalification des structures d’accueil ;
– la mise en valeur des vestiges archéologiques de l’avant-nef ;
– l’aménagement d’une salle de conférences ;
– la muséographie des collections d’histoire dans l’église abbatiale et les différentes salles s’organisant autour du cloître.